Shintaro Kisaragi es un hikikomori de 18 años que lleva encerrado en su habitación dos años con la única compañÃa de su ordenador y su conexión a Internet. Desde hace un año Shintaro vive «preso» de una ciberchica llamada Ene, la cual apareció en su pantalla de ordenador. Cuando por primera vez en dos años sale de su habitación y llega al centro comercial, entra en contacto con el grupo de adolescentes llamado «Mekakushi Dan», quienes consiguen sabotear un secuestro con sus superpoderes visuales. Y una vez revelado su secreto, no pueden dejarle marchar a Shintaro como si nada.
