La novela presenta una estructura en cuatro partes o viajes: en la primera, Gulliver, un cirujano embarcado en un navío mercante, relata cómo naufraga y llega a la isla de Lilliput, cuyos habitantes miden unas seis pulgadas. A lo largo del segundo viaje, Gulliver, acompañado de algunos marinos, llega a una costa desconocida que resulta ser el país de Brodbingag, habitado por gigantes. En la tercera parte, hay un giro hacia lo satírico en el relato que hace Gulliver sobre su viaje a la isla voladora de Laputa y al continente vecino, cuya capital es Logado. Al final, Gulliver narra su cuarto y último viaje al país de Houyhnhnm, donde los buenos y virtuosos caballos tienen sometida a la especie humana bajo su dependencia. Esta última está representada por los Yahoo, seres repugnantes y degenerados que portan las marcas de la peor bestialidad. Al final de sus aventuras, Gulliver caerá en una tenaz misantropía y buscará en vano una isla abandonada donde vivir en solitario. Obligado a regresar a su país, le será muy difícil acostumbrarse al trato con las otras personas y sólo encontrará cierta paz encerrándose en las cuadras a conversar con sus dos caballos.
